Helse Nord-Trøndelag HF er et selvstendig helseforetak, og en del av foretaksgruppen Helse Midt-Norge RHF. De øvrige foretakene i Helse Midt-Norge som tilbyr pasientbehandling er: St. Olavs Hospital HF, Helse Møre og Romsdal HF og Rusbehandling Midt-Norge HF. I tillegg driver Helse Midt-Norge også Sykehusapotekene i Midt-Norge, Hemit og Helsebygg Midt-Norge, og det opprettes et nytt foretak for overtakelse av ambulansedrift i regionen.
Foretakets øverste organ er styret, og øverste administrative ansvarlige er administrerende direktør. Foretaket består av to store institusjoner, Sykehuset Levanger og Sykehuset Namsos, som tradisjonelt har gitt et bredt tilbud til henholdsvis sørdelen (Innherred) og norddelen (Namdalen) av Nord-Trøndelag. Helseforetaket har omtrent 2300 ansatte.
Den øverste administrative ledelsen i Helse Nord-Trøndelag består av administrerende direktør, assisterende direktør og 10 klinikk/avdelingsledere. I tillegg er det knyttet stabsressurser til ledelsen innen blant annet administrasjon, forskning- og utvikling, økonomi og fag.
Foretaket er delvis organisert i sykehusovergripende enheter. Dette gjelder voksenpsykiatri, somatisk og psykiatrisk tilbud til barn og unge, samt stab og støttefunksjoner i foretaket. Den indremedisinske og kirurgiske virksomheten ledes av personer ved det enkelte sykehus.